~\\
\\

L’équipe BONSAÏ du LIFL travaille en bio-informatique. Plus précisément, le thème fédérateur est la conception
de méthodes et d’outils informatiques pour l’analyse de séquences biologiques à grande échelle. Le
terme séquence recouvre des objets biologiques riches. Il peut s’agir de gènes, de protéines, d’ARN
non-codants, de chromosomes, de génomes, ... Les programmes de séquençage permettent en effet
aujourd’hui d’accéder à un grand volume de données de qualité. Cette profusion invite à raisonner à l’échelle globale des génomes, pour plusieurs espèces. C’est un changement de perspective
qui s’accompagne de questions importantes pour la compréhension des mécanismes cellulaires.
\\

La
première question concerne la fonction des régions non-codantes, avec notamment les ARN noncodants et les éléments de régulation qui jouent vraisemblablement un rôle essentiel dans la complexité des organismes eucaryotes. En second lieu, la disponiblité de génomes complets permet d’appréhender les relations fonctionnelles entre les gènes. Cela ouvre la voie à la biologie des systèmes,
qui enrichit l’approche génétique classique dirigée par l’étude individuelle d’un gène en lien avec les
nouvelles technologies de transcriptomique et de protéomique. Enfin, la disponibilité de génomes
apparentés permet de rechercher les mécanismes conservés entre espèces au fil de l’évolution par
génomique comparative.
\\

L’équipe aborde ces problèmes à travers quatre thèmes principaux qui reposent sur des fondements méthodologiques communs avec des
solutions issues de l’algorithmique discrète sur les mots, les arbres et les graphes: la comparaison de séquences
à l’échelle génomique, les signaux de régulation, les peptides non
ribosomiaux et , l’analyse des ARN non-codants auquel j'étais rattaché.
\\
